Nasce a Cernier da Francesco Corti, originario di Agno (TI) e Giulia Magnin, ottavo di dodici figli, quattro maschi e otto femmine. Scuole dell'obbligo, dapprima garzone nella bottega di un panettiere, poi apprendista come pittore e gessatore. Seguendo l'innata tendenza, disegna e dipinge da autodidatta con un certo successo tra gli abitanti del villaggio. Nel 1930 grazie all'aiuto finanziario del veterinario di Cernier, Urfer, si iscrive all'Accademia di Saint-Luc a Bruxelles nella quale è ammesso direttamente al terzo anno, concluso da un primo premio con distinzione. Nel 1932 Torna a Bruxelles per la ripresa dell'anno accademico, ma il suo protettore, il veterinario Urfer, non può più pagare il soggiorno. L'accademia lo dispensa dalle tasse scolastiche e per vivere Jean Corty partecipa a un'esposizione collettiva con i pittori Carion, Daras e Vissers. La mostra non ha successo, Corty ne è turbato, è costretto a lasciare Bruxelles per tornare a Cernier.Nel frattempo le sue condizioni di salute peggiorano al punto che viene ricoverato all'Ospedale Neuropsichiatrico di Mendrisio. Ne uscirà tre anni e mezzo dopo, ma nel frattempo, per interessamento di alcuni amici pittori, fruisce di una certa libertà.

Nel 1941 Jean Corty si trasferisce ad Agno dove viene ospitato dalla cugina Cecilia Corti. Ben presto però preferisce Lugano dove è ospitato di volta in volta da amici e pittori.
Nel 1942 considerate le sue precarie condizioni il Cantone gli assegna un sussidio mensile con cui poter vivere e lavorare. In questi anni si lega sentimentalmente alla pittrice Charlotte Bronimann e realizza gran parte degli oli e disegni della sua produzione. E' Nel 1944 che espone a Bienne, alla Galerie Europe, con lo scultore luganese Vittorio Calvi, e'un Grande successo.
Il 22 aprile 1946 muore all'Ospedale Neuropsichiatrico di Mendrisio di polmonite.